Autor das denúncias de corrupção investigadas pela Operação Porto Seguro, Cyonil Borges afirmou à Polícia Federal e ao Ministério Público Federal que Paulo Vieira, apontado como chefe do esquema, usou o gabinete da Presidência da República em São Paulo, em 2008, para uma reunião em que os dois discutiram dificuldades do setor portuário - área que concentrou parte das fraudes reveladas pelo inquérito.
Em 2009, um ano depois da reunião no gabinete da Presidência em São Paulo, Vieira teria oferecido R$ 300 mil a Cyonil para que ele produzisse um parecer técnico a favor da Tecondi.
Segundo um documento de 12 páginas apresentado por Cyonil à Procuradoria da República em São Paulo, a que o Estado teve acesso, o delator do esquema teria sido convidado por Vieira ao gabinete - que era utilizado pelo então presidente Luiz Inácio Lula da Silva e seus ministros em viagens à capital paulista.
As investigações da Operação Porto Seguro revelaram que Vieira, à época ouvidor da Agência Nacional de Transportes Aquáticos (Antaq), tinha uma relação próxima com a então chefe de gabinete da Presidência da República em São Paulo, Rosemary Noronha, indiciada por tráfico de influência, corrupção passiva e falsidade ideológica. Segundo a PF, ela recebia favores de Vieira em troca de reuniões com autoridades e indicações para cargos públicos.
O Estado apurou que Paulo Vieira usou o escritório da Presidência em São Paulo em outras ocasiões e que Rosemary estava no gabinete nos horários em que ele frequentou o espaço. Cyonil afirmou na denúncia feita por escrito aos policiais e aos procuradores que ficou “impressionado com a ‘desenvoltura’ do Sr. Paulo Vieira”.