Uma série de denúncias feitas a partir de 2009 a respeito da existência de funcionários fantasmas levou o Senado a implantar, em abril de 2011, um sistema de registro de presença biométrico via impressão digital. Nem todos os funcionários, porém, são obrigados a bater o ponto. O registro de presença destina-se a todos os servidores da área legislativa e administrativa. Além de cargos de direção, estão dispensados de registrar a presença pelo ponto biométrico funcionários de escritórios de apoio nos Estados - mesmo critério adotado agora pela Assembleia Legislativa paulista. Os senadores também podem pedir a isenção do registro, a seu critério.Quando o sistema foi implantado, 1.060 dos então 6.027 funcionários do Senado eram dispensados do ponto - aproximadamente 17% do total. Hoje, o número se flexibilizou. Dos 6.426 servidores da Casa, 2.277 estão dispensados de apresentar diariamente sua impressão digital - aproximadamente 35% do total.

O sistema biométrico custou cerca de R$ 1,1 milhão aos cofres públicos e foi a forma encontrada para dar mais transparência aos procedimentos de presença dos servidores após os escândalos de 2009. O dispositivo pretende, ainda, evitar fraudes com registro de horas extras que não tenham sido efetivamente trabalhadas, já que o funcionário deve bater o ponto ao entrar e ao sair do Congresso.

Além de ser identificado pela impressão digital, o servidor utiliza um cartão com um chip lido pela máquina coletora. Após o registro, o equipamento imprime um comprovante do registro do funcionário.

Mais cotado para assumir a Presidência do Senado - a eleição ocorre em fevereiro -, o senador Renan Calheiros (PMDB-AL) não dispensou do registro de presença de nenhum dos 14 funcionários de seu gabinete de Brasília. Conforme as regras, nenhuma das 20 pessoas contratadas por ele no escritório de apoio, em Alagoas, precisa bater o ponto biométrico.