A Secretaria de Portos da Presidência poupou seu número 2, o secretário executivo Mário Lima Júnior, em sindicância para apurar irregularidades em processos de empresas citadas no inquérito da Operação Porto Seguro, da Polícia Federal, que revelou esquema de venda de pareceres no governo. A sindicância foi conduzida pelo chefe de gabinete do próprio secretário, Raul Moura de Sá, e coube a ele investigar seu superior, que, fora do contexto das apurações, lhe dava ordens formalmente.
A sindicância, instaurada pelo ministro Leônidas Cristino dias após a divulgação das escutas, buscou apurar falhas no deferimento de pedidos de declarações de utilidade pública (DUPs). Esses documentos são pleiteados por empresas do setor para que, ao licenciar portos, obtenham permissão para desmatar.
Conforme o inquérito, o ex-diretor da Agência Nacional de Águas, Paulo Vieira, fazia tráfico de influência para destravar um terminal na Ilha de Bagres, em Santos, de interesse da empresa São Paulo Empreendimentos (SEP), ligada ao ex-senador Gilberto Miranda (PMDB-AM). Uma das etapas seria a concessão da DUP. Segundo os grampos da PF, revelados pelo jornal O Estado de S. Paulo, Lima Jr. negociou a instalação do terminal com Vieira na SEP e, por telefone, marcou encontro com o ex-senador em seu escritório.
Para concluir seu relatório, a comissão responsável se baseou em documentos e em depoimentos de Antônio Maurício Ferreira Netto, diretor de Revitalização e Modernização Portuária, e Rogério de Abreu Menescal, secretário de Planejamento e Desenvolvimento Portuário - este último recebeu Vieira e um sócio da SPE em reunião. Embora tivesse atribuição para isso, a sindicância não convidou Vieira, outros servidores ou empresários, como o ex-senador, a se explicar. Sobre Lima Jr., contentou-se com nota que ele divulgou à imprensa.