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Em 2010, a Corte Interamericana de Direitos Humanos da Organização dos Estados Americanos (OEA) condenou o Brasil por não ter punido os responsáveis pelas mortes e desaparecimentos de 62 pessoas ocorridos na Guerrilha do Araguaia, entre 1972 e 1975. Na sentença, a Corte considerou que a Lei da Anistia não poderia impedir a investigação.
O ministro da Defesa na época, Nelson Jobim, declarou que a condenação não tinha efeito prático, já que o Supremo Tribunal Federal já havia se posicionado sobre o assunto. Em 2012, a Corte voltou a cobrar que o Brasil localizasse e identificasse os restos mortais dos guerrilheiros. Em resposta, os ministérios da Defesa, Justiça e Direitos Humanos afirmaram que o governo estava empenhado nas buscas.
Custos de processos
Sobre a possibilidade de as investigações da comissão subsidiarem eventuais processos na Justiça, Pinheiro disse que isso ocorreu em todos os países onde órgãos similares foram formados. "Investigações servem para a responsabilização de criminosos."