Estudos do Tribunal de Contas da União (TCU) sobre a fiscalização de convênios federais consideram “sistêmicas” falhas na estrutura da União, destacando como problemas mais sérios o baixo número de servidores e a falta de qualificação de parte deles. Nesse contexto de fraca vigilância, convênios patrocinados por parlamentares já estiveram no centro de vários escândalos que atingiram os governos Dilma Rousseff e Luiz Inácio Lula da Silva. Em 2011, o então ministro do Esporte, Orlando Silva, teve de pedir demissão após a revelação de que convênios irregulares ajudaram a abastecer ONGs ligadas a seu partido, o PC do B.No mesmo ano, a chamada “farra dos convênios” para patrocinar eventos em cidades do interior derrubou o então ministro do Turismo, Pedro Novais. Investigações da Polícia Federal constataram uma série de desvios e ausência de controle sobre a aplicação dos recursos. Em 2010, o TCU analisou a estrutura de fiscalização dos convênios e detectou a existência de estoque de R$ 16 bilhões em prestações de contas não analisadas. Além disso havia quase R$ 2 bilhões de convênios cuja prestação de contas não havia sido apresentada no prazo legal.

O órgão com situação mais frágil era o Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE), com mais de 15 mil prestações de contas não analisadas, cujo valor chegava a cerca de R$ 4 bilhões. Para fiscalizar esses convênios havia apenas 89 servidores efetivos.

Em 2011, em um novo relatório sobre as contas do governo, o órgão constatou que as prestações de contas com análise atrasada já somavam quase R$ 20 bilhões. O atraso médio das análises era de pouco mais de cinco anos. O número de prestações de contas não apresentadas no prazo devido era de 3.179, 14% maior do que o registrado no ano anterior.

Desde então o TCU não atualizou esses dados, mas atrasos e a falta de funcionários persistem, segundo o presidente da instituição, Augusto Nardes.