A Justiça acolheu a promoção de arquivamento, subscrita pelo promotor Edmilson Andrade Arraes de Melo, da Promotoria de Repressão a Sonegação Fiscal, e virou uma página que custou a Palocci a importante cadeira da Esplanada. Em meio à polêmica sobre o desempenho da Projeto, em junho de 2011, o então ministro pediu demissão. Na ocasião, quatro deputados federais representaram à Procuradoria-Geral de Justiça de São Paulo para abertura de investigação contra Palocci por prestação de declaração falsa às autoridades fazendárias, adulteração de documentos referentes às operações tributáveis e sonegação.
"As diligências não detectaram a prática de crimes contra a ordem tributária, eis que a Fazenda Municipal afirmou que, após fiscalização, não encontrou elementos para lavratura de autos de infração", argumentou Arraes, em manifestação de 11 de abril de 2013 ao juiz Eduardo Pereira Santos Junior, do Departamento de Inquéritos e Polícia Judiciária (Dipo).
Arraes ponderou. "Não tendo havido autuação fiscal, nem a apuração de conduta típica prevista na Lei 8.137/90 (Crimes Contra a Ordem Tributária), constata-se que não há elementos probatórios mínimos para a propositura da ação penal, motivo pelo qual requeiro o arquivamento dos autos." Ele fez ressalva sobre a hipótese de lavagem de dinheiro. "A evolução de faturamento da empresa do investigado foi notável e fora do comum, especialmente no ano de 2010, evolução esta que não restou ainda bem esclarecida, o que pode indicar eventual prática de crimes previstos no artigo 1.º da Lei 9.613/98 (lavagem de dinheiro)." As informações são do jornal O Estado de S. Paulo.