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PMDB pede para PT ficar no governo Cabral até marçoAliança entre PT e PMDB vai continuar em 2014, diz RauppDilma se reúne com Lula, PT e PMDB para debater aliançasApós discurso, Cunha recebe solidariedade dos colegasPMDB obstrui sessão sobre Orçamento na CâmaraO maior confronto do líder com o Planalto ocorreu na tramitação da MP dos Portos. O deputado tentou em plenário a alteração de diversos pontos da proposta enviada por Dilma Rousseff. Chegou a fazer obstrução em plenário, levando o tema a ser decidido em cima do prazo de tramitação, sob risco de perder a validade. Na última hora, o governo aceitou uma pequena parte das mudanças propostas pelo deputado.
Crítico frequente de Ideli, Cunha atuou ainda para enterrar a proposta de Dilma de um plebiscito sobre reforma política, feita após as manifestações de junho. O líder do PMDB também está em rota de colisão com o Planalto no debate sobre Marco Civil da Internet, defendendo posições de interesse das empresas de telefonia.