Entre elas está o balanço do exercício financeiro de 1991, segundo ano de Collor no poder, que chegou a ser rejeitado pela mesma comissão há 16 anos, mas que não teve sua tramitação concluída até hoje.
Pela Constituição, no início de cada ano o presidente da República precisa encaminhar ao Congresso Nacional um relatório das contas do governo do exercício anterior. O Tribunal de Contas da União (TCU) produz então uma análise prévia que serve como base para a Comissão Mista de Orçamento decidir pela regularidade ou não das contas do presidente. O deliberado pelo colegiado precisa ter ainda o aval dos plenários da Câmara e do Senado. Em caso de rejeição, o chefe do Poder Executivo responsável fica inelegível pelo prazo de oito anos.
As contas de Collor referentes a 1991 até hoje ainda aguardam a finalização do seu julgamento pelo Congresso. Em novembro de 2013, assumiu a relatoria o senador Wilder Morais (DEM-GO), que elaborou um novo relatório pedindo o arquivamento das contas. A justificativa do parlamentar é que a contabilidade encaminhada pelo ex-presidente - apesar de ter sido negada preliminarmente pela CMO - já prescreveu. Além do mais, o senador do DEM alega que o processo, iniciado nos anos 90, contém "graves vícios constitutivos", que levaram ao "cerceamento do direito de defesa" de Collor.
A CMO também deve analisar as contas de Fernando Collor do exercício anterior, de 1990.