Em dezembro de 2011, foi demitido na "faxina" promovida pela presidente Dilma Rousseff, mas continuou conselheiro do banco estatal. Lupi foi exonerado em meio a acusações de irregularidades que envolviam organizações não governamentais e o ministério. O dirigente pedetista sempre negou envolvimento em qualquer ilegalidade.
Nesta segunda-feira, 10, o ex-ministro disse que deixou o conselho do BNDES porque vai disputar um cargo eletivo em outubro. "Não dá para conciliar o conselho com a eleição, então já deixei formalizada e a presidente Dilma Rousseff vai assinar minha saída. Preciso estar apto para a candidatura", disse Lupi à reportagem.
O ex-ministro ainda não sabe que cargo disputará e ainda negocia o apoio do PDT na eleição para governador do Rio. Tem conversado com os prováveis candidatos do PMDB, Luiz Fernando Pezão, e do PT, Lindbergh Farias.
Lupi disse que, nos últimos dois anos, não foi pressionado a deixar o conselho do BNDES, já que não estava mais no governo. "Nunca houve nenhum pedido para que eu saísse, ao contrário, continuei minha atuação no conselho normalmente", afirmou.