Depois da revelação da proximidade de Vargas com o doleiro Alberto Youssef, preso na operação Lava Jato da Polícia Federal, o deputado renunciou ao cargo de vice-presidente da Câmara, mas não ao mandato. O presidente do PT, Rui Falcão, tem pressionado Vargas a renunciar e o líder petista na Câmara, Vicentinho, disse que o paranaense comete um "grande erro" ao fragilizar o governo e o PT, por insistir em continuar na Câmara.
Vargas, porém, desafia o comando petista e promete trabalhar para fazer de Luiz Sérgio o novo vice-presidente na Casa. "Levantaram meu nome, fico muito honrado com isso, mas não existe ainda nenhum candidato (a vice-presidente), porque a bancada do PT não deliberou sobre isso. Não estive com o Rui Falcão, espero fazer isso hoje. Quero ouvir o que ele tem a dizer", afirmou Luiz Sérgio.
O deputado do Rio é visto como integrante do grupo de petistas solidários a Vargas, ao lado de José Mentor (SP). A conduta de Vargas é analisada pela Comissão de Ética do PT e pelo Conselho de Ética e Decoro Parlamentar da Câmara.