No início de abril, o procurador-geral enviou um ofício ao ministro do STF Marco Aurélio Mello apresentando indícios contra o parlamentar. Segundo ele, ex-diretor da Siemens Everton Rheinrheimer, delator do cartel, apontou, em depoimento, "indícios de envolvimento do deputado federal José Aníbal, na medida em que relata ter sido avisado que, com a saída de Rodrigo Garcia da presidência da Comissão de Transportes da Assembleia Legislativa do Estado de São Paulo, deveria passar a tratar com o deputado José Aníbal, que passara a ser responsável pelos contatos políticos e pagamentos de propina".
De acordo com Aníbal, a denúncia foi fundamentada sobre uma falha básica, mas grave, que poderia ser corrigida com uma busca simples na internet. Ele afirma que nunca foi deputado estadual e, portanto, é impossível que tenha ocupado o cargo na comissão da Assembleia. "Eu nunca fui deputado estadual, nunca, nem candidato. No entanto, é inacreditável que, com base nisso, o procurador-geral da República encaminhe para o ministro Marco Aurélio, pedindo que prossiga a investigação sobre mim, porque existem indícios que possam me comprometer", protestou.
O nome de Aníbal surgiu nas denúncias no fim de 2013, quando um documento apócrifo que o citava foi entregue pelo deputado estadual petista Simão Pedro (SP) ao ministro da Justiça, José Eduardo Cardozo, e posteriormente repassado à Polícia Federal. À época, o deputado disse que o documento era falso e havia sido adulterado para que seu nome fosse incluído.
Em seu pronunciamento para um plenário vazio na manhã desta sexta, o deputado chamou Cardozo de prevaricador, Simão Pedro de falsário e Everton Rheinrheimer de bandido.
Aníbal disse ainda que não tem nenhum problema em participar de acareações e depoimentos sobre o caso e ressaltou que estará à disposição de uma possível CPI sobre o cartel de trens proposta pelo PT. "Pra mim seria uma excelente tribuna", disse..