A indicação de Rondon para o cargo foi uma costura da presidente para conseguir o apoio do PTB à candidatura de reeleição.
Rondon ocupava a diretoria de Gestão, Planejamento e Meio Ambiente da Eletronuclear, subsidiária da Eletrobras, em 2005, quando o então presidente do partido, Jefferson, caiu em desgraça pelas descobertas de irregularidades envolvendo as atividades do PTB dentro das estatais do governo.
Na ocasião, o Ministério Público investigou e apontou tráfico de influência na contratação da corretora de seguros Assurê para obter contratos dentro das estatais sob influência do PTB. Um desses contratos foi feito com a Eletronuclear para cobrir as usinas de Angra 1 e Angra 2, no valor de US$ 3,6 milhões, o que garantiu uma porcentagem de US$ 360 mil para a Assurê. O genro de Jefferson, Marcus Vinicius Vasconcellos, era o principal assessor de Luiz Rondon na Eletronorte e tinha trabalhado justamente na Assurê. Mantinha também relações comerciais com Henrique Brandão, dono da corretora. As revelações tornaram insustentável a permanência de Rondon no cargo.
Pouco antes, reportagem da revista
Veja
mostrara o funcionário dos Correios Maurício Marinho descrevendo - sem saber que estava sendo gravado - todo o tráfico de influência e recebendo dinheiro vivo pela ajuda no esquema. A revelação abriu a suspeita sobre a existência de contratos irregulares que Jefferson e o PTB faziam dentro do governo, incluindo empresas como Eletrobras e Eletronuclear. Pressionado politicamente pelas revelações de Marinho e se sentindo abandonado pelo governo, Jefferson denunciou a existência do esquema do mensalão.
Em sua defesa, Rondon afirmou em outras ocasiões que não foi demitido do cargo que ocupou na Eletronuclear, mas que pediu a exoneração, sob recomendação do partido, depois da deleção sobre o esquema do mensalão.