Segundo a Polícia Civil, o caseiro e seus irmãos invadiram o sítio da vítima, em Nova Iguaçu (cidade na Baixada Fluminense), para roubar armas. O oficial acabou morrendo. A polícia suspeita de latrocínio (roubo seguido de morte), mas Malhães pode ter sofrido um infarto durante o assalto.
Há ainda a hipótese, defendida por representantes de organizações defensoras dos direitos humanos, de Malhães ter sido morto por saber muito sobre a repressão política durante o regime militar, o que caracterizaria uma queima de arquivo. Malhães morreu pouco depois de ter admitido participação em atos de tortura e morte de presos políticos, quando era oficial da ativa do Exército
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