Nicolau foi condenado por desviar dinheiro, R$ 170 milhões, em valores da época, da construção do Fórum Trabalhista de São Paulo na década de 90. Nessa época, ele era presidente do Tribunal Regional do Trabalho de São Paulo.
O ex-juiz cumpria pena na Penitenciária Doutor José Augusto Salgado, em Tremembé, no Vale do Paraíba. Nicolau dos Santos Neto esteve em prisão domiciliar preventiva em 2007, pena suspensa em 2013. Naquele ano, exames médicos indicaram que sua condição de saúde era estável, o que não justificava cuidados especiais em casa..