O ministério dos Transportes é da cota do PR, partido aliado do governo que ameaçava não se coligar com o PT caso o então titular dos Transportes, César Borges, não fosse demitido. Temendo ter mais uma baixa no seu projeto de reeleição, Dilma cedeu às pressões e substituiu Borges pelo ex-ministro Paulo Sérgio Passos. Borges, por sua vez, foi nomeado ministro dos Portos. O ocupante da pasta até hoje, Antonio Henrique Pinheiro, virou secretário executivo.
Apesar das pressões políticas, Dilma tentou dar um tratamento técnico a substituição e afirmou que está "reorganização no time que toca a infraestrutura logística do governo". "Quero deixar claro que os três são a linha de frente do meu governo num trabalho que está transformando o Brasil num País mais desenvolvido e competitivo".
Ela citou diversas obras de sua administração na área de logística, como a concessão de rodovias para o setor privado e a aprovação do novo marco regulatório dos portos. Os investimentos no setor, de acordo com Dilma, ainda "não maturaram". "O processo de maturação em logística e energia leva um ou dois anos e o auge desse processo vai trazer para o País grandes benefícios", ressaltou.
César Borges, embora minado por seu próprio partido, foi elogiado por Dilma, que disse que ele levará relevante experiência para a secretaria dos Portos.
"Nossa capacidade de produção de riquezas e de crescimento da economia depende de mantermos o ritmo acelerado da entrega das obras", disse Dilma. "Estou tranquila porque o Paulo Sérgio acompanhava de perto o processo de concessões, já que presidia a Empresa de Planejamento e Logística", concluiu..