Peixoto é primo da ex-chefe de gabinete da Presidência da República em São Paulo Rosemary Noronha. Ele ganhou um cargo na extinta Rede Ferroviária Federal em São Paulo (RFFSA) em 2009, informa o MPF. Ao pedir o desligamento de Peixoto do serviço público, a procuradora destacou que, ao praticar ato que visa ao atendimento de interesses individuais, como é o caso, a Administração Pública desvirtuou o interesse público - o que torna ilegal a nomeação.
"O próprio Supremo Tribunal Federal já consagrou o entendimento de que a prática do nepotismo viola a Constituição Federal", explica a procuradora, em nota divulgada pelo MPF em São Paulo. A exoneração foi publicada no Diário Oficial da União do dia 24 de junho. Marcelo Peixoto ocupava cargo de código DAS 101-3, cujo salário chega a quase R$ 4,5 mil por mês. O cargo DAS é referente a posto de "Direção e Assessoramento Superior".
Rosemary teve o nome envolvido à Operação Porto Seguro, deflagrada pela Polícia Federal em novembro de 2012, que desarticulou um esquema de venda de pareceres técnicos em órgãos federais. A operação da PF revelou uma série de crimes como formação de quadrilha, corrupção ativa, corrupção passiva, tráfico de influência, falsidade ideológica e falsificação de documento particular.
Segundo o MPF em São Paulo, nessa investigação foram interceptados e-mails, com autorização judicial, revelando a solicitação, por parte de Rosemary, da nomeação, "com urgência", do primo Marcelo Peixoto para o cargo comissionado no Ministério dos Transportes.
Em setembro do ano passado, a Controladoria-Geral da União (CGU) decidiu aplicar pena de destituição de cargo público a Rosemary.