O atraso de mais de 20 dias no registro foi gerado por um pedido de impugnação apresentado por uma integrante do Partido Ecológico Nacional (PEN) contra a convenção do próprio partido que aprovou a coligação com o PSDB. O ministro relator do caso, João Otávio de Noronha, rejeitou a impugnação por falta de provas e, portanto, manteve o partido na coligação.
De acordo com Noronha, a candidata à Câmara por São Paulo, Denise Abreu, que apresentou a impugnação não compareceu nem produziu provas. "Os documentos nos autos não tem idoneidade para a prova do alegado", disse o ministro, que foi seguido pelos colegas da Corte. A candidata Denise Abreu pretendia concorrer ao Planalto pelo PEN, mas o partido optou por apoiar a candidatura de Aécio Neves. Denise alegou no TSE fraude na convenção do partido que aprovou a coligação. Caso a reclamação fosse considerada válida pelo ministro, o tribunal poderia excluir o PEN do grupo que lançou o tucano como presidenciável. A coligação de Aécio é formada pelo PSDB, PEN, PMN, DEM, PTN, PTB, PTC, PTdoB e Solidariedade.
Denise Abreu, candidata a deputada federal pelo PEN que pretendia invalidar a coligação do partido nanico com o PSDB, foi diretora da Agência Nacional de Aviação Civil (Anac).