O Grupo de Trabalho Perus, criado no âmbito da SDH, terá o prazo de 36 meses para a conclusão de seus trabalhos, podendo ser prorrogado por igual período. O grupo será estruturado por um comitê gestor, um comitê de acompanhamento e um comitê científico.
O comitê gestor contará com representantes da Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos da SDH, que o coordenará, da Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania da Prefeitura de São Paulo e da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp).
O comitê de acompanhamento será composto dois familiares membros da Comissão de Familiares de Mortos e Desaparecidos Políticos, dois membros do Comitê Paulista pela Memória, Verdade e Justiça, pelos familiares consanguíneos dos desaparecidos políticos cujos restos mortais podem estar entre os exumados encontrados no Cemitério Dom Bosco, um representante da Comissão Nacional da Verdade, um representante da Comissão da Verdade da Assembleia Legislativa do Estado de São Paulo "Rubens Paiva", um representante da Comissão Municipal da Verdade de São Paulo e um representante do Ministério Público Federal.
Já o comitê científico será composto por representantes da equipe de antropologia forense do Caso Perus, obedecendo à seguinte distribuição: um representante da Secretaria Nacional de Segurança Pública do Ministério da Justiça (Senasp/RJ), um representante da Associação Brasileira de Antropologia Forense (Abraf), um representante do Departamento de Polícia Federal, um representante da Unifesp e quatro representantes do grupo de arqueólogos e antropólogos forenses indicados pela SDH - sendo dois profissionais internacionais e dois nacionais..