Com status de ministério adquirido em 2007, a SEP não conseguiu levar adiante o processo de concessões de portos planejado por Dilma e deve voltar a ser uma secretaria do Ministério dos Transportes, caso a presidenta seja reeleita.
Em caso de vitória do PSDB, a pasta seria engolida pelo Superministério de Infraestrutura prometido por Aécio, que reuniria as pastas de Energia, Transportes e Comunicações. O candidato ainda não disse quem poderia ocupar a pasta, que seria responsável por toda a área de logística, mas o nome de seu braço direito, o senador eleito Antonio Anastasia, é um dos mais cotados. Ele também é citado para a Casa Civil.
Já a permanência do PT no governo não deve trazer grande renovação na área. O atual ministro dos Transportes, Paulo Sérgio Passos, fez parte da solução de uma relação conturbada entre o Palácio do Planalto e o PR, que culminou com a saída do então ministro César Borges, realocado justamente na pasta dos Portos, em meados deste ano.
Na Esplanada dos Ministérios circula a informação de que Passos poderia permanecer à frente da área como homem de confiança de Dilma no setor, mas também já se cogita um eventual retorno de Borges ao comando da pasta, pois Dilma dificilmente abriria mão do ex-governador baiano no governo. .