O voto do relator também listou as falhas. A auditoria encontrou inexistência de documentos que comprovem a realização de pesquisa prévia pela PBio para obter "parceria mais vantajosa a estatal"; compra de participação da planta de Marialva não obedeceu integralmente normativos para aquisição de ativos; associação para a compra de Marialva foi feita em desacordo com relatórios e colocou a estatal em risco.
Na compra de Passo Fundo, a auditoria também encontrou problemas: a estatal se colocou em risco quando se associou com a BSBios Sul, para compra de usina em Passo Fundo; compra de usina de passo fundo não obedeceu normativos; e celebração de transações com concessões desproporcionais entre as partes.
Essas operações ocorreram à época em que o ex-ministro Miguel Rossetto (Desenvolvimento Agrário) fazia parte da presidência da Petrobras Biocombustível, quando a empresa realizou operações que hoje estão sob auditoria pelo Tribunal de Contas da União. Rossetto comandou a subsidiária da Petrobras de 2009 a 2014 - período em que foram adquiridas as duas usinas de biodiesel..