As denúncias do Ministério Público Federal (MPF) de Araçatuba, de fraude na licitação de 80 barcaças e 20 empurradores, serão julgadas pela Justiça Federal do Rio de Janeiro, a pedido da Transpetro. Inicialmente, o processo havia sido enviado pelo MPF à Justiça de São Paulo. Mas a subsidiária alegou que a sua sede está localizada no Rio. Depois de 30 dias de avaliação pela Justiça de São Paulo, a juíza Rosa Maria Pedrassi de Souza decidiu acatar o pedido da Transpetro, por considerar que, caso seja culpada, caberá à empresa a "reparação dos danos eventualmente causados ao patrimônio".

O contrato para a construção dos comboios custou R$ 432 milhões à Transpetro, mas o MPF identifica que R$ 70 milhões devem ser ressarcidos ao erário. O valor equivale a duas vezes o prejuízo estimado com a fraude na licitação, de R$ 21,9 milhões, mais multas contratuais. Para garantir a recuperação do dinheiro do Tesouro, o MPF pediu liminar que garanta a indisponibilidade dos bens de todos os citados no processo, como o presidente da Transpetro, Sérgio Machado, membros de sua equipe envolvidos na licitação, executivos do consórcio vencedor da concorrência, além de representantes da Cooperhidro, que arrendou área para a construção dos comboios, e da Prefeitura de Araçatuba (SP), onde estão sendo construídas as embarcações.

Ao todo, são citados 18 réus e dez empresas no processo. Se condenados, além do ressarcimento do prejuízo estimado, os funcionários públicos vão perder o direito de exercer o cargo, as empresas não poderão participar de outras licitações, e os políticos serão impedidos de exercer os cargos no prazo de cinco a oito anos. O MPF pede ainda que a licitação seja anulada, assim como o financiamento do projeto pela Caixa Econômica Federal..