Barroso é o ministro relator das execuções penais de condenados no mensalão no STF e já liberou para cumprirem pena em casa o ex-ministro José Dirceu, o ex-deputado José Genoino (PT), o ex-tesoureiro do PT, Delúbio Soares, entre outros. Só Cunha teve o pedido negado até o momento, apesar de ter cumprido o tempo de prisão necessário para progressão de regime e registrado bom comportamento carcerário.
O pedido de Cunha para passar para regime aberto chegou ao Supremo no início de novembro. O parecer do procurador-geral da República, Rodrigo Janot, foi desfavorável ao ex-deputado. De acordo com Janot, o plenário do Supremo condicionou a mudança de regime do ex-deputado à restituição dos valores ilegalmente recebidos pela prática de peculato no esquema do mensalão. Por isso, o PGR pediu que Cunha fosse intimado para comprovar a devolução dos valores.
A defesa alegou que a progressão de regime "independe da reparação do dano", mas, diante da falta de comprovação do ressarcimento dos valores, Barroso seguiu parecer do PGR e negou o pedido do ex-deputado. O ministro do STF intimou a Advocacia-Geral da União (AGU) para informar como João Paulo Cunha deve recolher espontaneamente o valor que deve restituir.