O inquérito oculto vai além do segredo de Justiça. Não só o nome da parte é omitido, mas o caso não chega nem a existir no sistema do STF. Questionado sobre o tema, Marco Aurélio Mello faz uma ressalva, apenas, para os casos de delação premiada. "Há um problema na delação, que não pode ser aberta", apontou.
O ministro apontou ainda que "o sistema não fecha" quando há uma investigação sigilosa no STF e outra, conexa, sem segredo na Justiça comum. "O tratamento deve ser linear, igual para todos", afirmou. Em agosto, a Justiça Federal de Mato Grosso remeteu investigação sobre participação do ministro da agricultura, Neri Geller, em esquema de grilagem de terras da União ao STF, em razão do foro privilegiado. O inquérito, contudo, não consta no sistema do Supremo e sua existência tampouco é confirmada pelo tribunal.
O STF justifica que "o regimento interno da Corte fixa competência exclusiva ao ministro relator para decretar a confidencialidade total ou parcial de inquéritos sob sua condução 'em autos apartados e sob sigilo'". O dispositivo mencionado, contudo, estabelece a possibilidade de sigilo apenas para determinadas diligências, como requerimentos de prisão. Não há previsão expressa sobre a tramitação ou controle dos inquéritos ocultos..