O descontentamento com atribuição de responsabilidades pela violação de direitos humanos, sem apontar fatos que levariam a isso, irritaram não só militares do Exército, se estendendo às duas outras Forças. Na Aeronáutica, as maiores queixas foram com a inclusão do nome do ex-ministro Eduardo Gomes, o patrono da Força Aérea, pela Comissão da Verdade, em seu relatório. O Marechal-do-ar e ministro da Aeronáutica de abril de 1965 a março de 1967, Eduardo Gomes, foi apontado como um dos responsáveis político-institucional por violação dos direitos humanos durante o governo militar.
Desde cedo, a decisão do Exército era de que não havia motivo para enquadrar o general Etchegoyen no Regulamento Disciplinar do Exército, que proíbe militares da ativa de fazerem "manifestação de caráter político". O entendimento era que ele falava "em caráter familiar", sem entrar na área institucional. O próprio ministro da Defesa entendeu que a declaração do general teve "forte conotação emocional" e que "o melhor é deixar a poeira baixar", conforme afirmou.
Coube ao ministro-chefe da Casa Civil, Aloizio Mercadante, por determinação da presidente Dilma Rousseff, conversar com o ministro Amorim, sobre o caso da crítica do general. A decisão do Planalto era de "botar panos quentes" nessa questão. O entendimento geral foi de que punir o general levaria a um movimento de solidariedade nas Forças Armadas.
No caso de Etchegoyen, chegou a ser reconhecido por auxiliares da Presidente que incluir o nome do pai do general como um dos "autores de graves violações de direitos humanos" foi um "excesso desnecessário" da comissão, já que não havia crime ou fato que pudesse levar a tal ilação. Além disso, consideraram que a carta do general foi "respeitosa" e que em momento algum atacou o governo.
Apesar de outros generais da ativa não terem se manifestado oficialmente, a solidariedade a Etchegoyen era feita em todos os segmentos das Forças Armadas, da ativa e da reserva. Os militares parabenizavam a "coragem" do companheiro que externou a insatisfação com a unilateralidade do documento. Um dos generais da ativa consultados pelo Grupo Estado ironizou a conclusão do relatório, lembrando que ao responsabilizar a cadeia de comando pelos crimes cometidos durante o regime militar, o Planalto endossa a tese do "domínio do fato", ou seja, de que o ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva e a presidente Dilma Rousseff podem ser responsabilizados pelo Mensalão e pelos desvios na Petrobras..