Segundo o Ministério Público Federal, Goes operava um esquema de corrupção na Petrobras usando a mesma forma de atuação do doleiro Alberto Youssef e do empresário Fernando Baiano: recolhendo propina de empresas privadas para agentes da estatal e ocultando a origem dos recursos.
Goes apareceu nas investigações por meio de delação premiada do ex-gerente da Petrobras Pedro Barusco e de depoimento espontâneo de Cíntia Provesi Francisco, ex-funcionária da Arxo Industrial, cujos sócios foram presos, acusados de pagar propina à BR Distribuidora, subsidiária da Petrobras. Com o dinheiro oriundo de pagamentos indevidos, Goes é suspeito da compra de um avião particular, registrado em nome de sua empresa, a Riomarine Óleo e Gás.
A ex-funcionária da Arxo afirmou que os pagamentos de propina eram intermediados por Mário Goes. Para dar aparência de licitude aos contratos, a Arxo usava notas fiscais frias compradas de terceiros, segundo a denúncia. Barusco disse que havia um "encontro de contas" entre ele e Goes, nos quais eram entregues "mochilas com grandes valores de propina, em espécie", que variavam entre R$ 300 mil e R$ 400 mil. No local, era feita a conferência de cada contrato, contabilizando-se as propinas pagas e as pendentes.
De acordo com o Ministério Público Federal, Gilson João Pereira e João Gualberto Pereira, sócios da Arxo, e Sergio Ambrosio Marçaneiro, diretor financeiro, pagavam propina para obter contratos com a BR Distribuidora. Todos estão presos na Superintendência da Polícia Federal em Curitiba. Os pagamentos ocorreriam em contratos com a BR Aviation, empresa da Petrobras especializada no abastecimento de aeronaves.
Segundo o advogado Leonardo Pereima, os sócios da empresa nunca pagaram propina para a Petrobras e não tiveram contato com o ex-gerente da estatal Pedro Barusco e com o ex-diretor de Serviços Renato Duque. Para a defesa, as acusações decorrem apenas de vingança da ex-funcionária do Departamento Financeiro, demitida por desviar cerca de R$ 1 milhão..