Pouco antes da eleição para a presidência da Câmara, Lula já havia conversado com Paes pelo telefone, preocupado com o acirramento da disputa entre Cunha e o deputado Arlindo Chinaglia (PT-SP), que teve ajuda do governo na campanha, mas perdeu no primeiro turno, por uma diferença de 131 votos (267 para o peemedebista e 136 para o petista).
Em mais um ponto de divergência com a presidente Dilma Rousseff, Lula era favorável a um diálogo com Eduardo Cunha, antes da eleição para presidente da Câmara, no dia 1° de fevereiro. O ex-presidente procurou Paes depois de conversar com um ministro que relatou o esforço do governo para ajudar Chinaglia, com aval da presidente.
Após a conversa com Lula, o prefeito procurou Eduardo Cunha, embora soubesse que não havia chance de composição àquela altura da disputa. Paes e Pezão atuaram pela eleição de Cunha, mas mantém boas relações com Lula e agora atuarão como "bombeiros" na relação do presidente da Câmara com o governo e o PT.
Desde que assumiu a presidência, Eduardo Cunha impôs uma série de derrotas ao governo e reclamou abertamente da ação de ministros petistas em favor da candidatura de Chinaglia. Em entrevista ao Estado, Cunha criticou a articulação política do governo e disse que o ministro de Relações Institucionais, Pepe Vargas, "erra na forma e no conteúdo".
Cunha também instalou a CPI da Petrobras, que voltará a apurar o esquema de corrupção na estatal, e escolheu um deputado de oposição, Rodrigo Maia (DEM-RJ), para presidir a comissão especial que analisará a reforma política. Uma das propostas em discussão é a garantia de doações de empresas privadas a candidatos, o que contraria a posição oficial do PT pelo financiamento público..