Carvalho foi assessor de Palocci e secretário na Prefeitura de Ribeirão Preto. Ele também foi diretor de Fiscalização na primeira administração do petista na cidade do interior paulista. Em duas legislaturas foi líder do governo do PT na Câmara de vereadores.
A condenação do ex-assessor de Palocci, também ex-ministro da Fazenda do governo Lula, foi decretada pela 4ª Vara Criminal de Ribeirão Preto. Segundo a sentença, Carvalho era responsável pela administração da Liga. A Justiça impôs a José Alfredo de Carvalho cumprimento da pena em regime semi aberto. O promotor Aroldo Costa Filho, autor da denúncia contra o ex-assessor de Palocci, já recorreu. Ele quer aumentar a pena pois entende que "um crime praticado por mais de três anos merece pena superior, bem como o regime inicial deve ser o fechado".
Em 2001, com o suposto objetivo de "fomentar as atividades desportivas amadoras da cidade foi firmado convênio entre a Liga e o município, representado pelo secretário de Esportes".
O promotor Aroldo Costa Filho pediu a condenação de outros dois personagens, Valéria da Silva Ferreira, então tesoureira da Liga, e Carlos Leopoldo Teixeira Paulino, na ocasião secretário de Esportes - ambos foram absolvidos. O promotor Aroldo Costa Filho destacou na denúncia que "durante a vigência do convênio, tratando-se de gestão de dinheiro público, era dever dos responsáveis pela Liga a prestação de contas ao ente municipal acerca da aplicação dos valores recebidos e dos programas esportivos realizados, ao mesmo tempo em que cabia ao Poder público, por intermédio do secretário municipal de Esportes, fiscalizar o cumprimento do avençado, bem como verificar a regularidade das prestações de contas".
O promotor de Justiça sustenta que de um total de R$ 750,75 mil repassados do município de Ribeirão Preto, R$ 504,17 mil foram desviados da finalidade inicial. "Esse desfalque nas contas públicas foi inscrito em dívida ativa e atualmente encontra-se em fase de cobrança judicial com o ajuizamento de execução fiscal", alerta o promotor.
"Por outro lado, o denunciado Carlos Leopoldo Paulino, no exercício da função de Secretário Municipal de Esportes, tinha por obrigação fiscalizar o emprego da verba pública e, até mesmo, suspender o convênio em caso de divergências nas contas apresentadas", afirma o promotor Aroldo Costa Filho. "Assim, ao não fazê-lo, concorreu dolosamente para o desvio do montante repassado a "Liga"."
Ao condenar o gestor da Liga e ex-assessor de Palocci, a Justiça destacou. "É certo que não há provas da destinação das verbas desviadas, o que seria impossível à acusação, mas é certo que havendo provas do recebimento das verbas públicas e diante da fragilidade da prestação de contas, então não restava outra alternativa a não ser o reconhecimento do desvio, com a cobrança administrativa dos valores empenhados."
"Do ponto de vista criminal, prossegue a sentença da 4ª Vara Criminal de Ribeirão Preto, diante da prova de que o corréu José Alfredo recebeu as verbas públicas, que tinham destinação específica, e não comprovou de forma satisfatória o empenho de tais verbas no custeio de projetos desportivos, conforme previa o convênio; em se tratando de pessoa esclarecida, com formação superior, ocupante de outros cargos públicos, que centralizava em suas mãos o gerenciamento de tais verbas, assumindo o compromisso pessoal de fazer a prestação de contas da forma prevista na legislação, então não resta dúvida de que agiu com dolo no sentido de desviar ao menos parte dos valores recebidos para custear os projetos desportivos, o que é suficiente para a configuração do crime previsto no artigo 312 (peculato) do Código Penal em continuidade delitiva."
Segundo a sentença, José Alfredo de Carvalho "exercia com plenitude e exclusividade" a administração da Liga. A reportagem deixou recado no escritório do advogado Milton Scavazzini Junior, que defende o ex-assessor de Palocci, mas não houve retorno..