A força-tarefa da PF funcionará dentro da estrutura de combate ao crime organizado. Além dos delegados que ficaram responsáveis pelas investigações, o grupo deve contar com 30 policiais, que terão dedicação exclusiva ao caso. O prazo da investigação será de dois meses, mas pode ser prorrogado, caso os órgãos envolvidos peçam um prazo maior para apurar como foi a atuação de cada um dos parlamentares. Terminadas as apurações, a PF apresentará um relatório ao ministro relator Zavascki, que encaminhará o material ao Ministério Público. O procurador-geral terá, então, prazo de 15 dias para oferecer a denúncia, pedir novas diligências sobre os investigados ou, caso entenda que não houve provas suficientes colhidas pela PF, pedir o arquivamento do inquérito.
Nos casos em que a procuradoria considerar que houve provas para denunciar os envolvidos, os acusados receberão cópias das denúncias para tomarem ciência sobre os motivos que estão sendo imputados e terão 15 dias para apresentar uma resposta.
MANDATO A última etapa é o julgamento, que se inicia quando termina a fase de instrução processual. No caso da Lava-Jato, o julgamento será feito pela segunda turma do Supremo, composta pelos ministros Teori Zavascki, Celso de Mello, Gilmar Mendes e Cármen Lúcia. Antes, o julgamento era feito pelo plenário, mas, para mais agilidade, agora os processos são analisados pelas turmas formadas por cinco ministros.
As investigações de deputados e senadores pela Justiça não influenciará, obrigatoriamente, a atuação dos parlamentares no Congresso. No entanto, caso os partidos peçam a abertura de processo no Conselho de Ética, os envolvidos poderão responder também no âmbito Legislativo. Os parlamentares só perdem seus mandatos em caso de cassação pelos colegas no plenário ou se forem condenados pelo Supremo. Mas, nesse último caso, a perda de mandato não é automática, dependendo do aval do Congresso..