Desde que encaminhou ao Supremo Tribunal Federal (STF) pedidos de investigação para apurar o envolvimento de autoridades no esquema de corrupção na Petrobras, Janot tem sofrido ataques por parte de investigados. O presidente da Câmara dos Deputados, Eduardo Cunha (PMDB-RJ), chegou a acusar o procurador de adotar critério político nas investigações.
O senador do PSB João Capiberibe disse que Janot assegurou aos parlamentares que a apuração do caso é "técnica e absolutamente isenta". Segundo parlamentares presentes, Janot afirmou que a opção por pedir abertura de investigações e não oferecer denúncia diretamente nos casos envolvendo políticos foi uma questão de cautela. "Cautela e canja de galinha não fazem mal", teria dito o procurador ao grupo.
O deputado Chico Alencar (PSOL-RJ) disse ao sair da PGR que o grupo que visitou Janot "repudia" tentativas de inibir as investigações em curso. "O que aparece o tempo todo é: 'Congresso reage, beija mão a um dos investigados, alteração legislativa de regras para escolha do procurador-geral'.