Eleito presidente em 2002 e reeleito quatro anos depois, Lula enfrentou alguns problemas pela falta de uma base de apoio consistente. No primeiro mandato, enfrentou o furacão de denúncias e CPIs para investigar o escândalo do mensalão, que levou para a cadeia os principais nomes de seu partido. Nem o Congresso, nem a Polícia Federal e o Ministério Público encontraram indícios da participação do presidente no esquema de caixa dois nas campanhas eleitorais. No plano da gestão, talvez a maior derrota tenha sido o fim da CPMF, que levava um montante de R$ 40 bilhões para os cofres da União. O resultado da votação no Congresso foi encarado na ocasião como indício de enfraquecimento do governo e da instabilidade de sua bancada.
Do Senado veio uma dura derrota: por 33 votos a 31, os senadores derrubaram a medida provisória que proibiu os bingos e as máquinas caça-níqueis no país. A MP foi editada em resposta ao escândalo Waldomiro Diniz, na época assessor do Palácio do Planalto, filmado pedindo propina a um empresário. A gravação foi feita em 2002, mas a fita só foi divulgada em fevereiro de 2004.
Derrota
Na Câmara, o PT ainda teve que amargar a perda na disputa pela presidência em 2005 e engolir a eleição de Severino Cavalcanti (PP-PE). Tempos depois, em coletiva em Brasília, chegou a admitir que não ter interferido na eleição da Câmara foi um dos erros de seu governo.
Ao indicar o nome de Greenhalgh, o PT provocou dissidências internas, já que o nome mais votado na bancada havia sido o do deputado Virgílio Guimarães (MG), que foi pressionado a desistir de sua candidatura devido a acordos internos na bancada. Sete meses depois de eleito, Severino renunciou ao cargo e ao mandato, sob a acusação de receber “mensalinho” para prorrogar a concessão de um restaurante da Câmara..