Os atos ainda incluem a instrução normativa nº 1, que estabelece metodologia para a apuração do faturamento bruto e dos tributos a serem excluídos para fins de cálculo da multa prevista na lei e a portaria nº 909, que trata da avaliação de programas de integridade de pessoas jurídicas.
A regulamentação da CGU dos acordos de leniência ratificam as regras estabelecidas no decreto que disciplinou a Lei Anticorrupção, editado no mês passado pela presidente Dilma Rousseff. Segundo o texto, a apuração da responsabilidade administrativa de pessoa jurídica será efetuada por meio de Processo Administrativo de Responsabilização (PAR) e as infrações às normas de licitações e contratos da administração pública que também sejam tipificados como atos lesivos dentro da Lei Anticorrupção também serão apurados e julgados conforme o rito previsto na portaria.
Previstos na Lei Anticorrupção, os acordos de leniência permitem que empresas alvos de processos punitivos, abertos por órgãos do governo, tenham parte das punições reduzidas, em troca de colaborar com as investigações e ressarcir integralmente o dano causado ao erário. Ao menos cinco investigadas na Lava Jato - OAS, Engevix, Galvão Engenharia, SBM Offshore e Toyo Setal - já manifestaram interesse em fazer os acordos. Para elas, a principal vantagem é continuar participando de licitações públicas.
O Planalto vem defendendo publicamente os acordos, argumentando que a falência de grandes empreiteiras poderá agravar a crise econômica.O Ministério Público Federal, contudo, vê risco de acertos de empreiteiras com o governo prejudicarem as investigações na área penal, tocadas pela Polícia Federal e o MPF. Parecer da Procuradoria-Geral da República defende que qualquer acordo de leniência seja submetido ao aval dos procuradores responsáveis pela apuração.
A portaria ainda determina que a CGU possui, em relação à prática de atos lesivos à administração pública nacional, no âmbito do Poder Executivo federal, competência "concorrente para instaurar e julgar PAR" e "exclusiva para avocar PAR instaurado para exame de sua regularidade ou para corrigir-lhe o andamento, inclusive promovendo a aplicação da penalidade administrativa cabível"..