De acordo com a PF, o grupo agia em benefício de empresas do setor agropecuário por meio de atos como a redução dos valores de multas aplicadas e a postergação de processos de autos de infração. Em outros casos, os envolvidos aceleravam procedimentos de liberação e avisavam previamente sobre visitas de fiscalização. Outra prática identificada na investigação envolvia pagamentos de propina a agentes públicos por meio de uma empresa que realizava eventos para a superintendência regional.
A PF informou que as irregularidades teriam a participação de servidores, que no entanto não tiveram os nomes divulgados. Os delitos investigados são de corrupção passiva, corrupção ativa, advocacia administrativa, lavagem de dinheiro e associação criminosa. A operação Semilla foi deflagrada em ação conjunta com o Ministério Público Federal e a Controladoria Geral da União..