Cotado para assumir o Ministério da Saúde, o deputado Manoel Júnior (PMDB-PB) foi citado no relatório final da CPI que investigou grupos de extermínio no Nordeste, em 2005. Uma testemunhas afirmou que ele teria participação no assassinato do vereador José Barros, em 2000, em Pedras de Fogo (PB). Em 2011, o veto da presidente Dilma ao nome do deputado para a pasta do Turismo no lugar de Pedro Novais ocorreu justamente porque ela recebeu, por meio do deputado Luiz Couto, o relatório da CPI.

A papelada cita, a partir de declarações de uma testemunha, a relação de Manoel com o ex-delegado Marcelo Jorge, que integraria grande grupo de extermínio da região. “A permanência do ex-delegado Marcelo Jorge na Delegacia de Pedras de Fogos se dava por influência política do deputado Manoel Júnior, inclusive patrocinando o retorno do policial depois que ele tinha sido temporariamente afastado quando os assassinatos chegaram a um nível insuportável”, atesta o relatório.

Outro trecho do documento aponta a participação do deputado no crime. “A morte do vereador José Barros, que também era de mandar matar, passava pelo ex-delegado Marcelo Jorge e pelo deputado estadual Manoel Júnior”. Uma testemunha denunciou que o deputado teria pago R$ 40 mil para encomendar o crime do vereador.

Em 2011, quando o caso voltou à tona justamente após a possível indicação do nome do parlamentar para o Ministério do Turismo, ele se defendeu alegando que estava sendo perseguido por adversários políticos..