Lula é alvo de suspeitas de ocultação de patrimônio e troca de favores. Para Bresser-Pereira, a reforma do sítio em Atibaia (SP), avaliada pela cúpula do PT como o caso que mais pode apresentar desgaste à imagem do ex-presidente, não aumentava o seu patrimônio, apenas lhe proporcionava mais conforto.
"Ele não trocou a reforma do sítio por favores às duas construtoras. Não há nada sobre isto na investigação." O economista acredita que os processos não buscam incriminar Lula, e sim desmoralizá-lo. "As contribuições de empresas a campanhas eleitorais (que até a decisão do Supremo eram legais) são afinal presentes. Mas é impressionante como empresas dão ou tentam dar presentes mesmo a políticos - presentes dos quais elas não esperam nada determinado em troca; fazem parte de suas relações públicas".
Em setembro de 2015, o Supremo Tribunal Federal (STF) proibiu a doação eleitoral de empresas. Ele lembrou que quando era ministro da Fazenda do governo José Sarney, em 1987, uma empresa tentou reformar a piscina da casa em que morava. Segundo Bresser sua mulher "os pôs para correr".
O ex-ministro disse que o mesmo deveria ter sido feito por Lula, que "cometeu um erro político", mas não é desonesto. Bresser-Pereira disse ainda que os processos são decorrentes do posicionamento político do ex-presidente, "que se manteve de esquerda".
"Dirigentes de empresas, lobistas e políticos envolvidos estão sendo devidamente incriminados e processados. A instituição da delação premiada revelou-se um bom instrumento de moralização. Mas está havendo abusos." O ex-ministro da Fazenda considerou que o Estado brasileiro, ao levar adiante as operações Lava Jato e Zelotes, está revelando capacidade de defender o patrimônio público, mas criticou a divulgação de delações premiadas sem provas e prisões cautelares e provisórias sem provas.
"Não é razoável o que se está fazendo com Lula. Só um clima de intolerância e de ódio pode explicar o cerco de que está sendo vítima", concluiu em artigo compartilhado também na página oficial do Partido dos Trabalhadores. O PT reforçou a defesa pública de Lula.
O presidente do partido, Rui Falcão, publicou artigo no qual acusa a oposição e setores "capturados pela direita" de tentarem o "linchamento político e moral" do petista. Em dezembro, Bresser-Pereira participou de atos contra o processo de afastamento da presidente Dilma Rousseff, como o manifesto "Impeachment, Legalidade e Democracia", que reuniu mais de mil representantes da comunidade acadêmica. Professor emérito da Fundação Getúlio Vargas (FGV), ele foi ex-ministro da Fazenda do governo de José Sarney e responsável pelas pastas Ciência e Tecnologia e Administração Federal e Reforma do Estado na gestão de FHC. Bresser é um dos fundadores do PSDB, mas pediu a sua desfiliação do partido em 2011.