Um dos motivos do embate é a resolução 5 do Conselho Nacional do Ministério Público (CNMP), que proibia integrantes do Ministério Público de assumir cargo no governo federal. A posse chegou a ser suspensa e o Planalto e o próprio Ministério da Justiça buscou argumentação legal para sustentar o ato. O problema se agravou quando a oposição decidiu agir para suspender a nomeação.
A conclusão foi a de que a resolução 5, de 2006, havia sido suspensa e que uma nova resolução, de número 72, de 2011, permitia que o integrante do MP poderia assumir cargos, desde que as funções sejam compatíveis com o exercício do Ministério Público. Dilma, então, mandou confirmar a posse.
Uma outra medida ocorrida nesta terça reforçou a tese do Planalto. O Conselho Superior do Ministério Público da Bahia, por seis votos a um, autorizou o procurador Wellington César a assumir cargo de "alta relevância".
A oposição, por sua vez, alega que o artigo 128 da Constituição proíbe um membro do Ministério Público exercer qualquer função pública. Ou seja, para assumir o cargo de novo ministro Wellington César teria que abrir mão de sua carreira no Ministério Público da Bahia.
O deputado Mendonça Filho (DEM-PE), disse que, ao escolher o novo ministro da Justiça, a presidente comete "ato ilegal". Ele informou que apresentaria uma ação pública à Justiça Federal de Brasília contra a presidente, solicitando liminar que impeça a nomeação de Wellington César Lima e Silva como ministro..