O clima conflituoso entre integrantes da Polícia Federal e do Ministério da Justiça se intensificou com a posse do novo ministro Eugênio Aragão, mas é anterior a isso. Em muito se deve a uma demanda de parte do PT, que acredita ser dever do titular da pasta intervir na PF para acabar com os vazamentos da Operação Lava-Jato e tentar frear as investidas contra integrantes do partido. Foi essa tensão, e a pressão do ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva, que levaram o ex-ministro José Eduardo Cardozo a abrir mão do posto e ser deslocado para a Advocacia-Geral da União.
SUBSTITUIÇÃO O subprocurador-geral da República Eugênio Aragão, assumiu por ter ingressado no MP em 1987, antes da promulgação da Constituição. Isso o livrou da regra ditada pelo STF. O novo escolhido para a missão mal assumiu a vaga e já criou rusgas com a PF com a ameaça de troca de agentes em casos de vazamentos de informações. A fala foi classificada pela Associação Nacional dos Delegados de Polícia Federal (ADPF) como uma ameaça à instituição. A entidade avalia que o ministro expôs a fragilidade da PF e uma suposta pressa em acabar com o que eles consideram a maior investigação de combate ao crime organizado no país.
A polêmica levou a ministra do Superior Tribunal de Justiça Assusete Magalhães a mandar notificar Aragão para que ele explique a declaração de que poderá substituir as equipes por causa de vazamentos. Aragão disse ainda que, ao contrário do Ministério Público, a PF não tem autonomia funcional. Segundo ele, o órgão está sob sua supervisão e ele pode trocar a equipe se bem entender, sem precisar de provas de que houve vazamentos. O presidente da ADPF Carlos Sobral disse que os delegados não aceitarão qualquer tipo de interferência ou ingerência nas investigações. A associação estuda medidas judiciais preventivas, como mandados de segurança, para evitar qualquer tipo de afastamento sem prova que o ministro possa promover.