Paulo Baeta era investigado em um dos inquéritos da Lava-Jato que tramita no Supremo contra o presidente do Senado, Renan Calheiros (PMDB-AL). No ano passado, o ministro Teori Zavascki, relator dos processos da operação no STF, determinou a quebra do sigilo bancário de Renan e Baeta para apurar um repasse de R$ 5,7 milhões para o escritório do advogado. O valor foi citado pelo ex-diretor de Abastecimento da Petrobras Paulo Roberto Costa em depoimento de delação premiada.
Nas investigações da Lava-Jato, pelos menos quatro citados faleceram. O ex-senador Sérgio Guerra (PSDB-PE), o ex-governador de Pernambuco Eduardo Campos (PSB), o ex-deputado federal José Janene (PP-PR), além de Baeta. .