Especialistas em segurança pública, no entanto, criticam a metodologia de Moraes, que divulgava as estatísticas de maneira "fatiada". Primeiro, eram mostrados os crimes que estavam em queda. Já o aumento de outros crimes era deixado para depois.
Em março, após o jornal do O Estado de S. Paulo revelar que o número de homicídios era maior do que o divulgado pelo governo Alckmin, pois muitos assassinatos acabaram sendo registrados como "morte suspeita", o Ministério Público Estadual (MPE), por meio da Promotoria do Patrimônio Público, abriu investigação para apurar a conduta da Secretaria da Segurança Pública.
Conhecido por ter um bom trânsito no Poder Judiciário paulista, Moraes atuou de maneira decisiva, em julho de 2015, para que o Tribunal de Justiça (TJ-SP) abrisse investigação contra o desembargador Otávio Henrique de Sousa Lima que, por meio de um habeas corpus, determinou a soltura de Welinton Xavier dos Santos, de 50 anos, o Capuava, considerado o maior traficante do Estado. Ele foi preso com mais de uma tonelada de cocaína pura e armas de grosso calibre.
Foi na gestão de Moraes que ocorreu a maior chacina da história paulista. Em agosto, 19 pessoas morreram durante ataques em série nas cidades de Osasco e Barueri. Três policiais militares e um guarda-civil foram presos por suspeita de participação nos crimes.
Já em dezembro, o jornal O Estado de S. Paulo revelou a existência de um "mensalão" dentro da Corregedoria da Polícia Civil, que cobrava propina de policiais investigados por crimes para avisá-los de eventuais operações do departamento.
Em 2014, meses antes de assumir a pasta, Moraes defendeu Eduardo Cunha (PMDB-RJ) e absolveu o deputado no Supremo Tribunal Federal em uma acusação de uso de documento falso.