Na operação foram investigados os crimes de lavagem de dinheiro, corrupção, fraude em licitações e advocacia administrativa. Os responsáveis pela investigação não divulgaram o motivo do afastamento de Gilson de Souza, que assumiu a Superintendência Regional do Incra em 19 de janeiro de 2009, sendo indicado pelo PT, ao qual é filiado. De acordo com o jornal O Estado de S. Paulo, os endereços dele foram alvo de mandados de busca e apreensão. A reportagem nâo conseguiu contato com Souza.
Ao todo, na terceira fase da Operação Mar de Lama, 17 agentes públicos foram afastados de suas funções pela suspeita de participação em irregularidades.
Na primeira etapa da operação, deflagrada em 11 de abril, foi investigado um esquema montado na prefeitura e no SAAE para desvio de verbas destinadas a obras de saneamento. Segundo as investigações, no final de 2013, a cidade foi arrasada por fortes chuvas. Foi decretado estado de emergência para facilitar a liberação de verbas federais para reparação dos danos. Os envolvidos no esquema teriam se aproveitado da situação de emergência para contratar serviços sem licitação e desviar recursos públicos.
A novidade da terceira etapa das investigações foi a descoberta de um suposto esquema de pagamento de propinas a vereadores para favorecer uma empresa concessionária do transporte coletivo na cidade, incluindo a votação de projetos do aumento do preço da passagem de ônibus. De acordo com o Ministério Público Estadual, os pagamentos eram feitos periodicamente, com valores diferenciados para cada vereador..