Alves é o terceiro ministro a deixar o governo do presidente em exercício, Michel Temer, em decorrência das investigações da Operação Lava Jato. Antes, já haviam saído do ministério de Temer o também peemedebista Romero Jucá, do Planejamento, e Fabiano Silveira, que comandava a pasta da Transparência, ex-CGU.
A a saída de Alves ocorreu a pedido do próprio ministro e ocorreu mais em razão de denúncias que estão por vir do que em virtude da delação de Machado. O maior receio do Palácio do Planalto é quanto ao conteúdo das delações que ainda não vieram a público, como a do empreiteiro Marcelo Odebrecht, de Léo Pinheiro, da OAS, e a de Fábio Cleto, ex-vice-presidente da Caixa Econômica Federal.
O ex-presidente da Transpetro disse ter pago a Henrique Alves R$ 1,55 milhão em propinas por meio de doações feitas pela empreiteira Queiroz Galvão e pela Galvão Engenharia. Os repasses, segundo ele, foram feitos entre os anos de 2008 e 2014, quando Alves era deputado e chegou a ocupar a cadeira de presidente da Câmara. Alves nega as acusações.