Magalhães, que estava no posto por indicação do PP, tinha sido nomeado em abril por Dilma Rousseff no lugar de Walter Gomes de Souza, indicado do PMDB e que foi exonerado em março, depois que o partido anunciou desembarque oficial do governo petista.
Temer ainda exonerou Paulo Guilherme Francisco Cabral da presidência da Agência Nacional de Assistência Técnica e Extensão Rural (Anater) e Silvana Canuto Medeiros do cargo de diretora executiva da instituição, que é vinculada ao Ministério do Desenvolvimento Social de Agrário..