As investigações da Operação Custo Brasil são decorrentes da Operação Pixuleco, outra fase da Lava-Jato, deflagrada em agosto de 2015, que apurou um suposto esquema de pagamento de propina - entre 2010 e 2015 - de R$ 100 milhões. Entre os envolvidos no esquema, segundo a Receita, há agentes políticos, servidores do Ministério do Planejamento, escritórios de advocacia e empresas de fachada criadas para operacionalizar o repasse dos recursos.
O acordo de cooperação técnica entre o Ministério do Planejamento para gestão da margem consignável dos servidores, alvo da Lava Jato, foi assinado na gestão do ministro Paulo Bernardo. O petista comandou o ministério de março de 2005 a janeiro de 2011 no governo do presidente Luiz Inácio Lula da Silva. No primeiro mandato da presidente Dilma Rousseff foi ministro das Comunicações.
Sob o comando de Bernardo, o Ministério do Planejamento assinou acordo com o Sindicato Nacional das Entidades Abertas de Previdência Complementar (SINAPP) e a Associação Brasileira de Bancos (ABBC). Essas entidades contrataram a empresa Consist Software Limitada para desenvolver o sistema de gestão da margem consignável. Em troca, a empresa recebia um porcentual por empréstimo consignado fechado por servidores da pasta.
As investigações mostraram que após o contrato, a Consist repassou entre 2010 e 2013 a quantia de R$ 5 milhões ao escritório de advocacia Guilherme Gonçalves & Sacha Reck que respondeu pela coordenação jurídica das últimas três campanhas da mulher do ex-ministro, Gleisi Hoffmann(PT/PR), e atuou para o próprio Bernardo em outras causas não eleitorais.
O escritório de advocacia recebeu, ainda, R$ 1,2 milhão de outra empresa da Consist, a SWR Informática. O advogado Guilherme Gonçalves ainda recebeu R$ 957 mil da Consist após migrar para outra banca em Curitiba, base política do casal.
Na delação, o ex-líder do governo no Senado disse que Paulo Bernardo "sempre foi, desde a época que passou pelo Mato Grosso do Sul e até mesmo antes, considerado um 'operador' de Gleisi Hoffmann". Segundo ele, "Paulo Bernardo sempre foi visto como um operador de muita competência".
Questionado sobre o que quer dizer com a expressão "operador", Delcídio respondeu. "Ele (Bernardo) tinha uma capacidade forte de alavancar recursos para a campanha (de Gleisi)".
"Que diz isto porque acredita que em 2010 Paulo Bernardo já captava recursos para Gleisi Hoffmann; que não há incompatibilidade entre Paulo Bernardo ser ministro do Planejamento à época (2010) e ser operador de Gleisi; que, ao contrário, por ser Paulo Bernardo ministro, ele tinha bastante força para captação de recursos, até porque uma das responsabilidades dele, como ministro do Planejamento, era gestionar o orçamento da União e, como tal, tinha muita força", aponta Delcídio em seu depoimento.