Cunha era alvo de oito frentes de investigação perante o STF, mas após ser cassado, em 25 de agosto, perdeu o foro privilegiado. Por isso, as apurações começaram a ser redistribuídas para a justiça comum. Apenas um dos casos foi remetido ao juiz Sérgio Moro, responsável por conduzir a Operação Lava Jato na Justiça Federal em Curitiba (PR).
O procurador-geral da República, Rodrigo Janot, havia sustentado ao Supremo que as investigações referentes a Porto Maravilha e ao FI-FGTS possuem relação com a Lava Jato. Por esse entendimento, os dois casos deveriam ser remetidos a Moro. Mas os advogados de Cunha alegaram que estes inquéritos não estão ligados ao esquema de corrupção na Petrobrás e pediram a redistribuição a outras varas.
Teori já havia enviado a Moro a ação penal contra o parlamentar pela existência de contas bancárias ocultas na Suíça, utilizadas para lavagem de dinheiro. O ministro encaminhou ao Tribunal Regional da 2ª Região a ação penal por suposto recebimento de US$ 5 milhões em propina em negócio envolvendo a compra de navios-sonda pela Petrobrás.
Só foram mantidas no STF duas investigações em que Cunha é um dos alvos. Em uma delas, a PGR investiga outras autoridades com foro privilegiado, como deputado André Moura (PSC-SE), e por isso é mantida na Corte. Além deste caso, o deputado cassado foi incluído na semana passada nas investigações do inquérito conhecido como "quadrilhão", que apura a formação de uma organização criminosa por integrantes do PMDB, PT e PP para operar o esquema de corrupção na Petrobrás.
Outros dois casos, que não estavam sob relatoria de Teori, também já foram redistribuídos. Em um, Cunha é suspeito de favorecer o BTG Pactual através da inclusão de "jabutis" em medidas provisórias que beneficiaram o banco. O caso foi encaminhado pelo ministro Celso de Mello para a Justiça Federal do DF. Na outra investigação, o ex-congressista é suspeito de se envolver em esquema de corrupção em Furnas. Este caso foi remetido pelo ministro Dias Toffoli para a Justiça Federal no Rio de Janeiro.