A Comissão de Anistia foi criada pela Lei 10.559, de 13 de novembro de 2002. Ela tem por objetivo reparar moral e economicamente as vítimas de atos de exceção, arbítrio e violações aos direitos humanos cometidos entre 1946 e 1988. A comissão conta atualmente com mais de 75 mil pedidos de anistia protocolados.
Ligada ao Ministério da Justiça, a Comissão de Anistia é formada por 25 conselheiros, em sua maioria agentes da sociedade civil ou professores universitários, um deles indicado pelos anistiados políticos e outro pelo Ministério da Defesa.