Iniciada em junho de 2016, a investigação da Cosa Nostra teve origem em relatórios do Ministério da Transparência e em denúncias de um vereador de um dos municípios investigados. Foram identificadas a contratação de empresas e a atuação de um cartel formado por empresas que tinham laranjas como sócios.
De acordo com a PF, essa empresas eram favorecidas nas licitações e vinham se sagrando vencedoras de certames para execução de obra públicas com verbas federais, especialmente na área da saúde e da educação e infraestrutura.
A organização criminosa investigada, segundo a PF, era integrada ainda por agentes púbicos municipais que atuavam de modo a fraudar processos licitatórios com direcionamento de seus resultados.
Com base no que foi apurado até o momento, a PF pretende indiciar oito pessoas entre políticos, representantes de empresas e servidores públicos, os quais serão responsabilizados pelos crimes de frustração de caráter competitivo de licitação, fraude na contratação, corrupção ativa e passiva, crime de responsabilidade..