O ministro criticou as prisões provisórias, marca da Operação Lava Jato.
"A prisão provisória se tornou no Brasil uma esperança para a sociedade, uma regra atropelando-se a ordem natural do processo crime", disse ele.
"Não sei se posso chamar as prisões de provisórias ante a duração das prisões.
"Penso que vem ocorrendo no Brasil como se não estivesse em vigor o Código de Processo Penal. Vem ocorrendo generalização sem tamanho e generalização projetada no tempo da prisão provisória. Já perdura a três meses e 26 dias (a prisão provisória de Cunha) e não sei a prevalecer a ótica da maioria quanto tempo ainda ficará o agravante (Cunha) preso para talvez quem sabe vir a lograr, e a esperança do homem não pode ser afastada, vir a lograr o implemento de uma ordem."
Marco Aurélio criticou o que chamou de 'justiçamento, ato de constrição extremo que é a prisão antes de a culpa selada'.
"O que estamos a julgar neste processo? Estamos a julgar Eduardo Cunha? A definir a culpa de Eduardo Cunha? Não estamos a julgar o acusado, até aqui simples acusado, muito embora já crucificado pela opinião pública.".