Em dezembro passado, o CNMP aplicou a pena de remoção compulsória ao promotor sob acusação de “paralisação e atraso no andamento de inquéritos civis, falta de racionalidade na condução de procedimentos de investigação, tardio declínio de atribuições ao MPF, violação de sigilo judicial em processo envolvendo a Federação do Comércio de Minas Gerais (Fecomércio) e tentativa de burla de garantias asseguradas a conselheiros do Tribunal de Contas e da usurpação de atribuições de outros órgãos de execução do MP”.
O promotor também foi acusado de ter violado a lei ao conduzir inquéritos marcados pela “ausência de racionalidade e de desrespeito à dignidade das pessoas submetidas a investigações que duraram anos sem que houvesse, desde o início, a presença de justa causa para a instauração”. Nepomuceno recorreu contra a decisão no próprio conselho e também ao Supremo Tribunal Federal (STF), mas todos os recursos foram negados. .