O inquérito autorizado pelo ministro do STF, que não tem relação com a Operação Lava Jato, diz respeito à construção de um canal de drenagem no Balneário Dunas Altas, em Palmares do Sul, no Rio Grande do Sul. A obra foi executada em área de preservação permanente pela Girassol Reflorestamento e Imobiliária Ltda, empresa da qual Padilha seria sócio.
A suspeita sobre Padilha é a de destruir ou danificar floresta considerada de preservação permanente, mesmo que em formação, ou utilizá-la com infringência das normas de proteção. A pena prevista para esse crime é de um a três anos de prisão e/ou multa..