Lopes e seu filho optaram por um acordo com a Justiça após serem alvos, em dezembro de 2016, da operação Descontrole - desdobramento da Lava Jato no Rio de Janeiro. A investigação sobre as irregularidades no âmbito do TCE -RJ são conduzidas pelo subprocurador geral da República, José Bonifácio Borges de Andrada, e tramitam no STJ. O inquérito foi instaurado após os delatores da Andrade Gutierrez revelarem a existência de pagamentos para conselheiros relacionados à obras no Estado.
Segundo os delatores, o conselheiro Jonas Lopes recebia uma porcentagem dos valores das obras negociadas entre as empresas e a cúpula do governo Sergio Cabral. Lopes presidiu a corte de contas entre 2011 a 2016 e por isso participou da análise de contas relacionadas a grandes obras como as das Olimpíadas e Copa do Mundo.
Os alvos da Operação O Quinto do Ouro, segundo a PF, são investigados por supostamente fazerem parte de um esquema de pagamentos de vantagens indevidas que pode ter regularmente desviado valores de contratos com órgãos públicos para agentes do Estado, em especial membros do Tribunal de Contas do Rio de Janeiro e da Assembleia Legislativa do Estado. As informações que embasaram a decisão do Superior Tribunal de Justiça tiveram origem numa colaboração premiada realizada entre dois investigados e a Procuradoria-Geral da República.
A Operação O Quinto investiga a suposta participação de membros do Tribunal de Contas do Rio no recebimento de pagamentos indevidos oriundos de contratos firmados com o Estado fluminense em contrapartida ao favorecimento na análise de contas/contratos sob fiscalização na Corte de Contas.
Além disso, agentes públicos teriam recebido valores indevidos em razão de viabilizar a utilização do fundo especial do Tribunal de Contas do Estado do Rio para pagamentos de contratos do ramo alimentício atrasados junto ao Poder Executivo fluminense, recebendo para tal uma porcentagem por contrato faturado.
Ao todo, a Polícia Federal cumpre 20 mandados de busca e apreensão contra pessoas físicas e jurídicas, 17 conduções coercitivas e 6 prisões temporárias. A ação se dá principalmente cidade do Rio de Janeiro, mas também em Duque de Caxias e São João do Meriti.