Em 2017, durante o mandato de Temer, o então procurador-geral da República, Rodrigo Janot, ofereceu uma denúncia para os dois crimes. O processo relacionado a Temer, Eliseu Padilha e a Moreira Franco estava suspenso porque não havia sido autorizado pela Câmara dos Deputados.
Na denúncia apresentada pelo então procurador-geral os denunciados Temer, Padilha e Moreira Franco, entre outros, são acusados de praticarem ações ilícitas em troca de propina por meio da utilização de diversos órgãos públicos, como Petrobras, Furnas, Caixa Econômica, Ministério da Integração Nacional e Câmara dos Deputados.
Na denúncia referente ao crime de embaraço, Michel Temer é acusado de instigar Joesley Batista a pagar, por meio de Ricardo Saud, vantagens ao doleiro Lúcio Funaro - que depois se tornou delator. O objetivo seria impedir que Funaro firmasse um acordo de colaboração premiada com o Ministério Público Federal.
Ambas as acusações foram ratificadas à primeira instância pela força-tarefa Greenfield, da Procuradoria da República no Distrito Federal.
Defesa
Em nota, a defesa do ex-presidente informa:
"Trata-se de mais uma acusação nascida da negociata feita entre a ex-procuradora-geral da República e notórios e confessos criminosos. Para
livrarem-se da responsabilidade pelos tantos crimes que confessam e ainda usufruírem livremente dos bens amealhados, estes, nas palavras de um deles em recente entrevista, entregaram o produto exigido pelo ex-PGR, que era acusar o então presidente da República. Michel Temer nunca integrou organização criminosa nem obstruiu a justiça, e por isso também essa acusação será desmascarada a seu tempo".
Eduardo Carnelós, advogado de Michel Temer.